“中心”实行管理委员会领导下的主任负责制，下设办公室、科学研究部、工程技术部和技术服务培训部。

“中心”管理委员会：聘任“中心”主任和副主任，负责制定“中心”章程、发展方向与规划，监督财务预决算，协调成员单位及相关合作单位间的关系。
技术委员会：把握和指导“中心”的技术发展方向，审议“中心”有关工程技术研究开发计划，提供技术咨询等。

“中心”主任：主持“中心”日常工作，执行“中心”管理委员会决议，负责制定中心的工作计划、指导“中心”各部门工作、协调与各单位的业务工作。

科学研究部：主要开展事关水土保持长远和全局发展的重大科技和战略问题研究，开展以3S（遥感、GIS、GPS）技术为核心的土壤侵蚀与水土保持监测基础研究开发，建立全国水土保持科技协作网络。

工程技术部：主要研究开发或引进国际先进的水土保持新技术和新产品，进行水土保持规划、设计、方案编制、施工监理和验收、工程设计系统与软件开发。

技术服务培训部：主要进行科技成果的推广、转化与产品开发，建设示范区与样板工程，开展国际合作和水土保持生态技术的培训工作。

水利部水土保持生态工程技术研究中心管理委员会名单

主  任：刘 震 水利部水土保持司司长
副主任：匡尚富 中国水利水电科学研究院院长
刘国彬 中国科学院水利部水土保持研究所副所长

委员单位：中国科学院资源环境与技术局
水利部国际合作与科技司
水利部水土保持司
中国科学院水利部水土保持研究所
水利部沙棘开发管理中心
中国水利水电科学研究院
水利部水土保持监测中心

水利部水土保持生态工程技术研究中心专家委员会名单

名誉委员：孙鸿烈（中国科学院，院士）
沈国舫（中国工程院，院士）
山  仑（中国科学院水利部水土保持研究所，院士）
陈志恺（中国水利水电科学研究院，院士）
韩其为（中国水利水电科学研究院，院士）
郑  度（中国科学院地理科学与资源研究所，院士）
刘昌明（北京师范大学，院士）
文伏波（长江水利委员会，院士）
石玉林（中国科学院地理科学与资源研究所，院士）
赵其国（中国科学院南京土壤研究所，院士）
冯宗炜（中国科学院生态环境研究中心，院士）
袁道先（中国科学院岩溶地质研究所，院士）
唐克丽（中国科学院水利部水土保持研究所，研究员）
王礼先（北京林业大学，教授）

主 任：王 浩（中国水利水电科学研究院水资源所所长，院士）
副 主 任：邵明安（中国科学院水利部水土保持研究所所长，研究员）
胡春宏（中国水利水电科学研究院副院长，教高）

委 员：李 锐（中国科学院水利部水土保持研究所，研究员）
崔 鹏（中国科学院水利部成都山地灾害与环境研究所，研究员）
王冠军（水利部发展研究中心，研究员）
李秀彬（中科院地理科学与资源研究所，研究员）
蒋忠诚（中国地质科学院岩溶地质研究所，研究员）
廖纯艳（水利部长江水利委员会水土保持局，教高）
汪习军（水利部黄河水利委员会水土保持局，教高）
郑新民（黄河上中游管理局，教高）
马志尊（水利部海河水利委员会水土保持处，教高）
杨德生（水利部珠江水利委员会水土保持处，教高）
沈  波（水利部松辽水利委员会水土保持处，教高）
阎百兴（中科院东北地理与农业生态研究所，研究员）
屈建军（中科院寒区旱区研究所，研究员）
张  斌（中科院南京土壤研究所，研究员）
刘宝元（北京师范大学，教授）
倪晋仁（北京大学，教授）

专家委员会办公室主任：
李 锐（兼）